Dort hab ich nen Haken. Und wenn ich was neues installiere, taucht auch das Icon auf. Nur bei nem Update verschwindets manchmal (aber nicht immer. Kommt wohl auf die Art des Updates an.)
Das von dir beschriebene Verhalten wird durch die angehakte Option verursacht. Mach den Haken raus, und die Shortcuts bleiben nach Updates in den Ordnern erhalten.